目前我国的工业园区主要有三种运作模式：政府主导型、政企结合型和企业主导型。
政府主导型：是我国大多数工业园区所采用的管理模式。由政府在园区内设立专门的派出机构——管委会，负责全面管理园区的建设和发展，具有较大的经济管理权限和相应的行政职能。管委会可自行设置规划、土地、项目审批、财政、税务、劳动人事、工商行政等部门，可享受城市的各级管理部门的权限，同时也接受主管部门必要的指导和制约，体现了“小政府、大社会”的特点。
企业主导型：主要是以企业作为开发区的开发者与管理者。政府并不设立派出机构，而是通过建立开发公司作为经济法人，组织区内的经济活动，并承担部分政府职能如协调职能等。开发公司直接向所在地区政府负责，实行承包经营，担负土地开发、项目招标、建设管理、企业管理、行业管理和规划管理等职能，而园区的其他管理事务：如劳动人事、财政税收、工商行政、公共安全等，主要还是依靠政府的相关职能部门。
政企结合型：政府部门既设立了园区管委会，又成立了投资开发公司，管委会负责政府行政管理职能，投资开发公司负责企业运作职能。管委会作为地方政府的派出机构，行使政府管理职权，不运用行政权力干预企业的经营活动，只起监督协调作用；而开发公司作为独立的经济法人，进行企业内部的自我管理，从而实现政府的行政权与企业的经营权相分离。该模式设立的方式比较复杂，有管委会下设投资公司的模式，也有管委会和投资公司平级设立的模式。
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